Với 6 gian trưng bày, Bảo tàng nghề y truyền thống Hội An tái hiện không gian tiệm bán thuốc Bắc truyền thống với các khu vực trưng bày tủ thuốc, nơi bắt mạch, chẩn trị, nơi chờ đợi của bệnh nhân và khách hàng đến khám bệnh, cảnh bốc thuốc, cảnh phơi và bảo quản thuốc, cảnh chế biến một số loại thuốc...

Bên cạnh đó, bảo tàng còn có không gian trưng bày, giới thiệu về nghề y truyền thống của Việt Nam, nghề y truyền thống của Quảng Nam và Hội An cùng phòng thông tin tư liệu gồm nhiều cuốn sách quý về nghề đông y.

Được thiết lập trong ngôi nhà cổ có kiến trúc truyền thống phổ biến của các nhà phố Hội An, Bảo tàng nghề y truyền thống Hội An ra đời nhằm bảo tồn nghề y truyền thống vốn đã từng nổi tiếng ở Hội An trước nguy cơ mai một đang diễn ra đối với bộ phận di sản này trong cuộc sống hiện đại.

Bảo tàng nghề y truyền thống Hội An ra đời nhằm bảo tồn nghề y truyền thống vốn đã từng nổi tiếng ở Hội An trước nguy cơ mai một đang diễn ra đối với bộ phận di sản này trong cuộc sống hiện đại.

Sự ra đời của Bảo tàng nghề y truyền thống Hội An đã tạo nên sự liên hoàn của hệ thống Bảo tàng chuyên đề trên các trục đường Trần Phú, Nguyễn Thái Học trong khu phố cổ nhằm phát huy mối quan hệ chặt chẽ giữa bảo tàng và di tích dựa trên nguyên tắc tôn trọng, đảm bảo tính nguyên gốc, tính mỹ thuật của di tích, đảm bảo các hoạt động nghiệp vụ bảo tàng, đó là lấy hiện vật làm trung tâm, vừa gìn giữ bảo quản hiện vật vừa phát huy gia trị vốn có của hiện vật nhằm giáo dục văn hóa truyền thống, cung cấp thông tin khoa học cho công chúng./.